Я в бытность работы в среднего размера крестопроектов (будучи ещё студентом и маленьким аспирантом) на эту тему получал ответ в духе: «Локально у себя собирай как хочешь, а на билдере пусть будет минимум наворотов». Думаю, что вполне логично.
@dluciv И да, в одном из них я в мэйкфайл добавил в итоге проверку переменной, по которой оно включалось. Но там как раз STL и Boost использовались очень локально, и эти куски менялись очень редко. А основное мясо использовало, в основном, уже обёртки над ними и над старыми сишными библиотеками. Поэтому выигрыш по скорости сборки в итоге был небольшой.