Открыв в ncmpcpp Library, заметил, что все песни повторяются в ней два раза. Оказалось, что mpd добавляет в БД не только симлинки, которые создаёт git-annex, но и сами объекты (из .git/annex/objects). Починилось очень просто: начиная с 0.16[1], MPD поддерживает файл .mpdignore, в который можно понаписать паттернов для игнорирования, что я и сделал:

$ cat >>.git/.mpdignore
*
^D
$ mpc update

Теперь всё работает, как положено: дубликатов в библиотеке больше нет.

  1. http://bugs.musicpd.org/view.php?id=3447