Если поставить пакетик apt-transport-tor, можно будет вместо http:// и ftp:// использовать в /etc/apt/sources.list схему tor:// (в 0.2, насколько я понял, это заменили на tor+http://, tor+https:// и tor+ftp://). Все ваши запросы и пакетики будут идти через Tor, со всеми вытекающими отсюда последствиями. Круто!