Таки нашел баг, потратив несколько часов ебли в NCBI, гугл и греп. Мутация R894X в гене CLCN1, rs55960271(C;T), отрезан небольшой кусок хвоста белка. Возможно есть еще другие релейтед, но упоминающиеся в папирах мутации после перевода в snp не грепаются в дампе, либо мой вариант такой же как у референса. Не зря сотню баксов потратил.
Кто-нить посылал свой ДНК туда -> https://www.23andme.com/ ??
#7308XU
(12)
/ @ninesigns / 4015 дней назад
Казалось бы, динозавры вымерли и о том какими они были мы можем судить только по костям и окаменелостям. Период полураспада ДНК составляет 521 год, так что за те 66 миллионов лет которые прошли с момента массового вымирания динозавров вся их ДНК уже успела рассыпаться. Нигде на планете не существует полноценного генома динозавра.
Однако нужно вспомнить то что птицы являются прямыми потомками динозавров.
Известно что эволюция работает постепенно и никогда полностью не удаляет старые гены, лишь выключая их если они мешают (например модифицируя промоторный регион гена). Очевидно что часть изменений отличающих птицу от динозавра была связана с генами регулирующими процесс эмбриогенеза, т.е. процесс развития эмбриона из оплодотворённой яйцеклетки. Изменения в этих генах приводят к изменению формы и конфигурации новорождённого организма.
Наблюдая за развитием эмбриона курицы можно заметить что хвост начинает расти но потом останавливается (с помощью апоптоза http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8725288 вызванного каким-то генетическим фактором).
Всё это наводит на мысль о том что можно было бы попытаться включить отключенные гены, или изменить способ их регуляции, или попытаться напрямую вводить в развивающийся эмбрион вещества-морфогены, чтобы возродить в живом существе часть признаков диназавра.
Эта идея давно пришла в голову известному палеонтологу, доктору Джеку Хорнеру и он принялся за её исполнение.
Вот статьи в газетах об этом проекте:
http://discovermagazine.com/2009/apr/27-jack-horners-plan-bring-dinosaurs-back-to-life
http://edition.cnn.com/2011/OPINION/06/12/horner.dinosaur.chicken/index.html?&hpt=hp_c2
http://news.discovery.com/animals/dinosaurs/big-question-for-2012-chicken-dinosaur-111219.htm
Также, Хорнер написал книгу How to Build a Dinosaur которая доступна здесь http://libgen.info/view.php?id=251726
Статья о том как владелец плантации с апельсинами обратился к генной инженерии для того чтобы найти способ борьбы с бактерией, поражающей деревья. Статья подробная, рассказывается о том как он несколько лет изучал этот вопрос, консультировался с учёными и отдавал деньги государственным агентствам для проведения тестов.
В целом про-ГМ статья, я не ожидал от NY times. А ещё я не знал что апельсины это гибрид помело и мандарина, появившийся несколько тысяч лет назад.
http://www.nytimes.com/2013/07/28/science/a-race-to-save-the-orange-by-altering-its-dna.html?_r=0
For a moment, alone in the field, he let his mind wander.
“Maybe we can use the technology to improve orange juice,” he could not help thinking.
“Maybe we can find a way to have oranges grow year-round, or get two for every one we get now on a tree.”
Then he reined in those thoughts.
He took the clipboard down, signed out and locked the gate.
http://blog.neuinfo.org/wp-content/uploads/2011/06/celegans.jpg
Поговорим же о червях. На картинке слева нематода Caenorhabditis elegans, классический модельный организм. В зависимости от пола этот червь содержит 959 или 1031 клетку. Может есть и мутанты с другим количеством клеток.
Геном этой нематоды содержит ~100М базовых пар, что относительно немного. Тем не менее в этом геноме содержится ~20000 генов (у человека - ~40000 генов http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/faq/genenumber.shtml , из чего следует что сложность организма зависит от размера генома и количества генов очень сложным образом).
Геном доступен например из базы данных wormbase.org, по FTP: ftp://ftp.wormbase.org/pub/wormbase/genomes
Просмотрщик генокарты есть здесь: http://www.wormbase.org/tools/genome/gbrowse/c_elegans/
Недавно была создана интересная физическая симуляция передвижения этого червя по поверхности, в модель также входили нейроны (топология нейросети C.Elegans известна http://www.openconnectomeproject.org/#!male-c-elegans/c13v6 ), но из-за отсутствия большой части информации, в т.ч. синаптических весов моделирование нервной системы червя пока что невозможно.
Видео той симуляции: https://www.youtube.com/watch?v=3uV3yTmUlgo
Исходный код на С++: https://github.com/openworm/CyberElegans
Статья: http://rghost.net/46101538
После этого был запущен проект Openworm, ставящий своей целью биологически-реалистичную симуляцию этого организма, с гораздо более совершенной физической моделью, учитывающей динамику каждой отдельной клетки а также полноценной моделью нервной системы.
http://www.openworm.org/getting_started.html#goal
К чему я это всё говорю? Хочу обратить внимание на то что в интернете в свободном доступе есть огромные массивы биологической информации - те же геномы. И это настоящие золотые горы из которых только недавно начали добывать золото.
Цоперайт © 2010-2016 @stiletto.