Десктопные лучше знают про свои окна и как их располагать.
С другой стороны распологать окна должен WM.

Нет ли какого-нибудь протокола чтобы это разруливать?

Например, аппликуха говорит wm-у: хочу чтобы ты хуйнул вот это окно тайлингом в
правую часть текущего монитора и с такой-то шириной.

Есть чо? Или всем пох?

post affilated by тем что я опать задумался почему люди и используют
говновкладки в firefox вместе со всякики tree style, 150 окон в имаксе, табы во
всяких gnome-terminal или urxvt и прочее говно.